O processo de ocupação da área onde está situado o Município de Trairão, teve início em 1972, com a abertura do Ramal Sul da BR-163 (Rodovia Santarém-Cuiabá). Já em 1974, os primeiros colonos que lá chegaram, reivindicaram ao INCRA, responsável pelo Programa de Colonização na região, uma área para ser o centro de apoio, onde se pudesse instalar escola, igreja, posto de saúde e posto de comercialização dos produtos agrícolas. Mesmo sem aguardar a devida autorização, em 1975 foram demarcados e ocupados os primeiros lotes urbanos e construída a primeira escola pela comunidade, na área já reservada para ser repassada à associação dos colonos e que viria a ser Vila de Trairão. Cada colono tinha direito a um lote de 15 x 30m nessa área, que anos depois foi doada à Associação Comunitária de Trairão (100 ha.)
Em 1976, o processo migratório se intensificou (principalmente vindos do nordeste do país) tendo como atrativo a abundância de terras agrícolas. Esses colonos mesmo possuindo lotes rurais, residiam na vila que, espontaneamente, se formava.
Nessa época, teve início o financiamento bancário para a lavoura de subsistência, acompanhado da assistência técnica promovida pela então ACAR-PA, hoje EMATER-PA. Dois anos depois, deu-se início ao plantio de cacau, incentivado pela CEPLAC, em convênio com a SAGRI e ACAR-PA. A colonização intensificou-se em 1982, com a abertura de vicinais.
O início da produção de frutos em 1983, em conjunto com a produção de banana, feijão, mandioca, arroz e milho, proporcionara à região um certo progresso. A chegada de colonos vindos do Sul e Sudeste do país em 85, fez com que a pecuária ocupasse maior espaço na economia da região, período também em que começaram a se instalar grandes serrarias, explorando o potencial madereiro da área.
Com a exploração de garimpos, cujo acesso se dava pela rodovia que corta o Município, Trairão experimentou uma expansão do comércio, especialmente de produto agrícola e de prestação de serviços, não obstante ter provocado um deslocamento da mão-de-obra, antes ocupada na agricultura, para a garimpagem. Devido ao significativo trânsito de pessoas sem vínculo com a área, houve aumento da violência.
O piauiense Pedro Barbosa de Souza, que mora no local, desde 1975, conta que, para formar a vila, vieram 18 homens, que roçaram a área. Segundo o seu relato, quando se abriu a estrada havia um acampamento no Itapacurá e o pessoal vinha até o rio Amadeu pescar traíra (peixe de água doce) e, um certo dia, pegaram uma de 40 kg, e começaram a se referir ao rio, como Trairão. Quando houve necessidade de registrar a comunidade em cartório, foi consultada a população sobre o nome e foi escolhido Trairão.
Em 3 de outubro de 1992, foi eleito o primeiro Prefeito do Município, o Sr. Ademar Baú.
O Município dista de Belém, em linha reta, 906 km, tendo sido criado pela Lei nº 5.695, de 13 de dezembro de 1991.
Além do distrito-sede, existem ainda as seguintes localidades: Nova Esperança, Caracol, Tucunaré, Jamanxim, Planalto, Santa Luzia e Santa Rita.